Wydanie zaświadczenia przez organ podatkowy (na wniosek) podlega opłacie skarbowej, stosownie do art. 1 pkt 1 ustawy z dnia 16 listopada 2006 r. o opłacie skarbowej opłacie skarbowej. Zgodnie z art. 6 ust. 1 ustawy o opłacie skarbowej obowiązek zapłaty opłaty skarbowej od wydania zaświadczenia powstaje z chwilą złożenia wniosku o wydanie zaświadczenia.
Niemniej, nie każde wydanie zaświadczenia przez organ podatkowy wiąże się z obowiązkiem zapłaty opłaty skarbowej, np. stosownie do art. 2 ust. 1 pkt 5 ustawy o opłacie skarbowej, nie podlega opłacie skarbowej wydanie zaświadczenia niezbędnego do uzasadnienia wniosków w sprawach wymienionych w art. 2 ust. 1 pkt 1-4 ustawy, czyli m in. do ubezpieczenia społecznego, ubezpieczenia zdrowotnego, świadczeń socjalnych oraz w sprawach załatwianych na podstawie przepisów o pomocy społecznej, przepisów o wspieraniu rodziny i systemie pieczy zastępczej, przepisów o zatrudnieniu socjalnym oraz przepisów o pomocy państwa w wychowywaniu dzieci, zatrudnienia, wynagrodzeń za pracę, nauki, szkolnictwa i oświaty pozaszkolnej oraz ochrony zdrowia, a także realizowanych przez Agencję Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa albo Krajowy Ośrodek Wsparcia Rolnictwa w sprawach z zakresu wykonywania zadań w ramach realizacji Wspólnej Polityki Rolnej, pomocy de minimis w sektorze rolnictwa lub rybołówstwa oraz innych zadań dotyczących organizacji rynków rolnych.
Jeżeli zatem organ podatkowy wydaje np. zaświadczenie o wielkości użytków rolnych do celów szkolnych/stypendialnych zaświadczenie to nie podlega opłacie skarbowej.
