Opłata skarbowa podlega zwrotowi w przypadku, gdy mimo dokonania zapłaty opłaty skarbowej nie dokonano czynności urzędowej, nie wydano zaświadczenia lub zezwolenia (art. 9 ust. 1 ustawy o opłacie skarbowej).
Od 1 października 2026 r. organ podatkowy zwraca opłatę skarbową bez wydawania decyzji w przedmiocie zwrotu (art. 9 ust. 2a ustawy o opłacie skarbowej).
Do zwrotu opłaty skarbowej ma zastosowanie przepis art. 76b ustawy Ordynacja podatkowa. Zgodnie z art. 76b § 1 ustawy Ordynacja podatkowa przepisy m. in. art. 76 i art. 76a stosuje się odpowiednio do zwrotu podatku (w myśl art. 3 pkt 3 lit. c ustawy Ordynacja podatkowa ilekroć w ustawie jest mowa o podatkach rozumie się przez to również opłaty).
Oznacza to zatem, że zwrot opłaty skarbowej podlega zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, kosztów upomnienia oraz bieżących zobowiązań podatkowych. W sprawach zaliczenia zwrotu opłaty skarbowej na poczet zaległych oraz bieżących zobowiązań podatkowych organ podatkowy, na wniosek podatnika, wydaje postanowienie, na które służy zażalenie.
